Поидее это баг. По-умолчанию в свойствах нодов и контейнеров стоит галочка Inherit access rights from parent object(s), но на самом деле наследования не происходит и приходится пройтись по всему дереву и нажать кнопочку apply, чтобы это наследование действительно произошло.
Наследование происходит, просто если пользователю дать права, не происходит синхронизация объектов с его сессией. После нового логина все должно быть. Нажатие apply вызывает обновление объекта, сервер рассылает уведомления об этом, и поскольку у пользователя есть права теперь - он получает обновление и объект появляется в дереве.