Мы делали миграцию для клиента именно в такой связке (Windows + MS SQL -> Linux + PostgreSQL), правда несколько лет назад. Все прошло успешно. Приведенной выше инструкции должно быть достаточно. В nxdbmgr были ошибки, но в 2.2.9 все должно быть исправлено.