- Устанавливаем mysql (желательно вместе с MySQL Workbench) 
- Создаем новую базу данных в mysql (можем назвать ее netxms) 
- Открываем папку с конфигом netxms (D:\NetXMS\etc - у вас путь может отличаться) и переименовываем файл netxmsd.conf в netxmsd.old.conf 
- Создаем новый netxmsd.conf,  в нем указываем: 
 LogFile = D:\NetXMS\log.log - у вас может отличаться
 DBDriver = mysql.ddr - меняем sqlite.ddr на mysql.ddr
 DBServer = localhost - ip сервера mysql, в моем случае это тот же комп
 DBName = netxms - имя БД, созданной в mysql
 DBLogin = логин от БД
 DBPassword = пароль
 LogFailedSQLQueries = yes
- Затем, открываем cmd и прописываем путь к nxdbmgr(В моем случае это  cd D:\NetXMS\bin, жмем enter и пишем d: и снова enter) 
- Прописываем команду для создания структуры в нашей БД (nxdbmgr init D:\NetXMS\lib\sql\dbinit_mysql.sql - путь к файлу указываем свой) 
- Затем, если необходимо - nxdbmgr upgrade 
- Последний шаг - nxdbmgr import D:\NetXMS\database\netxms_db (Путь к старой базе на sqlite)  
Все, ждем как закончится импорт.