Да, если пропали настройки, сделанные давно - это конечно к порядку остановки сервисов отношения не имеет. А что в логах сервера? Добавьте в netxmsd.conf строчку
LogFailedSQLQueries = yes
возможно какие-то SQL запросы не проходят.
LogFailedSQLQueries = yes
возможно какие-то SQL запросы не проходят.