А пользователь тот-же при запуске скрипта руками, под которым агент работает? Единственно что приходит в голову - разница в environment и/или другой пользователь при запуске из-под агента и руками. Кстати, а если скрипт этот скажем через cron запустить, он работает?
You can also consider ordering custom development from Raden Solutions (