Скорее всего проблема именно в этом. 32 бита - это 4GByte максимум == 32GBit - за 60 секунд вполне может пройти больше. Можно попроьовать использовать 64 битные счетчики из ifXTable - .1.3.6.1.2.1.31.1.1.1.6.<index> для входящего траффика и .1.3.6.1.2.1.31.1.1.1.10.<index> для исходящего.
